不过这里则是人类的圣城，在那里，反抗军战士们聚集到了一起，其中包括墨菲斯的甜蜜冤家——奈奥比美眉。另外，尼奥见到了基地内的领导，然而他们之间激发了潜在的矛盾。不过议会的人相信尼奥这个救世主。那是因为他们都是老家伙，这些老家伙大多数都是被上一代救世主拯救主。但是老一代人即将老去。新一代的人对议会还是存在了很大的怨言。以拉克为首的基地指挥官非常非常的不相信尼奥救世主这一套。这之中产生了矛盾。这些人大多数以锡安为家，将这里视为圣城。只不过是故步自封而已。他们所谓的反击，根本就是以卵击石。他们胆小怕事，毫无进取之心。这样的人无论在什么地方都是大有人在。
“你难道真的不帮助他们？”金羽莹搂着谢峰的脖子问道。
谢峰嘴角儿上扬，摸着金羽莹的腰部说道：“我帮助他们已经完成了，剩下的就看他们的造化了。”
金羽莹对于那些蝼蚁也不必在意他们的死活，问道：“这次的剧情真的很难过吗？”
谢峰叹了一口气道：“不是一般的难过，我们即将面对主神。”
“主神？”金羽莹有点儿不敢接受这事实，一脸疑惑问：“主神真的存在吗？”
“我知道你有很多疑问，但是……”谢峰将金羽莹抱起来，道：“难道你没有发现我们的剧情跟这剧情是一样的吗？”
通过尼奥与造物主的对话，可以了解到尼奥这人跟《西游记》里的唐僧一样，九世善人，曾经九次去西天取真经，结果每次到流沙河被沙和尚给吃了。这尼奥也是如此，他已经经历了好多次。不是第一次见到造物主，但是每一次的经历不同造就了他的观念不同，但是每一次都给造物主一个很大的惊喜。
救世主尼奥的出生原本是来自母体程序设计中的一个错误的方程式，是一个异常现象。造物主也感觉到不可思议，毫无疑问这已经颠覆了程序的存在。程序是什么？就是数据公式，在完美的公式都存在着缺陷，哪怕1+1=2这种简单的公式在特定的环境下也是错误的。所以最简单的公式也存在着漏洞。因为这个世界上没有完美。
造物主：“我无论怎样，你都是会回到这里来。”
尼奥已经来到造物主面前5次了。加上这一次就是第六次。
就在这时，母体系统决定“先下手为强”，派遣了为数250000的电子乌贼大军，开始进攻锡安基地，微弱的基地防守力量根本不足以对抗如此强大的机甲兵团，看来人类最后的香火也岌岌可危；从造物主哪里得到的答案就是，他们已经不是第一次毁灭锡安基地了。但是造物主又不可能完全消灭掉人类，因为总是留一线生机。每次都会让造物主带领23个人逃脱。16个女的和7个男的。加起来正好是人类的染色体。然后救世主就带着幸存人类重新建造锡安基地。为什么会如此呢？那是因为母体要进行试验，如果不这么做，母机就会当机，也就没有存在下去的意义，这样所有人都会完蛋。人类死了，ai也会因为失去能源而灭亡。